Trong quyển sách của ông Imperium Naturæ, Linnaeus đã đưa ra 3 giới Regnum Animale, Regnum Vegetabile và Regnum Lapideum. Theo cách tiếp cận này, hệ thống phân loại gồm 3 giới là Animal (động vật), Vegetable (thực vật) và Minera, đã tồn tại phổ biến trong nhận thức cho đến ngày nay. Hệ thống phân loại chia thành 5 cấp: Giới, lớp, bộ, chi và loài. Trong khi nhiều loài và chi được xem là "của trời cho" (tự nhiên), còn 3 cấp trên đó được cho là do Linnaeus thành lập. Quan niệm đằng sau sự sắp xếp có hệ thống này được áp dụng cho tất cả các nhóm tạo thành một hệ thống dễ nhớ và định hướng, và đây được xem là một thành công lớn của ông.

Công trình của Linnaeus đã có ảnh hưởng rất lớn đến khoa học; nó là một nền tảng không thể thiếu đối với danh pháp khoa học, hiện được quy định bởi Nomenclature Codes. Hai trong số các công trình của ông gồm, phiên bản đầu tiên của quyển Species Plantarum (1753) về thực vật và phiên bản thứ 10 của quyển Systema Naturæ (1758) được công nhận là những điểm khởi đầu của danh pháp khoa học. Hầu hết tên loài và chi do ông đặt đã được công bố rất sớm và do đó có sự ưu tiên sử dụng tên này trong các công trình sau đó. Trong động vật học có một ngoại lệ, là một chuyên khảo về nhện Thụy Điển, Svenska Spindlar,[7] được Carl Clerck công bố năm 1757, vì vậy những tên gọi được công bố trong công trình này có sự ưu tiên hơn so với tên gọi của Linnus.[8] Tuy nhiên, ảnh hưởng về khoa học của ông phải về giá trị về phân loại học của ông. Tài năng của ông là để thu hút sinh viên trẻ khéo léo hơn và gửi ra nước ngoài để thu thập dữ liệu để thực hiện công việc của ông hơn là ảnh hưởng của nó so với thời của ông.[9] Vào gần cuối thế kỷ 18, hệ thống của ông đã có hiệu quả trở thành hệ thống tiêu chuẩn để phân loại sinh học.

Giới Động vật

Chỉ trong giới Động vật, các cấp phân loại cao hơn của Linnaeus vẫn ít nhiều được công nhận và một số trong các tên gọi này vẫn còn được sử dụng, nhưng thường không hoàn toàn cho các nhóm giống nhau như Linnaeus đã sử dụng. Ông chi giới Động vật thành 6 lớp trong phiên bản thứ 10 (1758), gồm:

1. Mammalia hay Lớp Thú gồm các loài động vật có vú. Trong phiên bản đầu tiên, cá voi và Lợn biển Tây Ấn được xếp vào nhóm cá.
2. Aves hay Lớp Chim bao gồm các loài chim. Linnaeus đã loại bỏ dơi ra khỏi nhóm chim và xếp chúng vào nhóm thú.
3. Amphibia bao gồm các loài lưỡng cư, bò sát, và các loài cá không thuộc nhóm Osteichthyes.
4. Pisces gồm cá có xương. Nhóm này bao gồm cá có vây gai (Perciformes) thuộc một bộ riêng.
5. Insecta gồm tất cả các loài arthropoda. Crustacean, arachnid & myriapod được xếp vào nhóm này thuộc bộ "Aptera".
6. Vermes gồm các loài động vật không xương sống còn lại, được chia thành nhóm "sâu", Mollusca và sihn vật có vỏ cứng như echinoderm.

Giới Thực vật

Các lớp và bộ thực vật do ông xếp theo Systema Sexuale không bao giờ có dự định thể hiện các nhóm tự nhiên (như trái ngược với ordines naturales trong quyển Philosophia Botanica) nhưng chỉ sử dụng trong việc xác định. Chúng đã được sử dụng trong ngữ cảnh đó phù hợp trong thế kỷ 19.

Các lớp thực vật của Linnaean trong Sexual System gồm:

Giới Khoáng vật

Phân loại của Linnaeus về khoáng vật đã không được sử dụng từ lâu. Trong phiên bản thứ 10 (1758) của quyển Systema Naturæ, các lớp của Linnaean gồm:

• Classis 1. Petræ (đá)
• Classis 2. Mineræ (khoáng vật và quặng)
• Classis 3. Fossilia (hóa thạch và cuội)[10]